Mongoose est une API pour Mongo...
Enfin une autre API...
Il a quand même une utilité : il permet de simplifier les requêtes (moins de code pour écrire une requête).
Et pour un projet plus poussé, il permet de créer des modèles. On peut donc valider les données avant de les écrires en base.
Bien entendu on a toujours le moyen de passer outre ces modèles et/ou d'utiliser l'ancien connecteur mongoDB.