L'option qui m'intéresse (dans les commentaires de l'article) :
xfconf-query -c xfce4-panel -p /panels/panel-0/disable-struts -t bool -n -s true

et logiquement pour désactiver :
xfconf-query -c xfce4-panel -p /panels/panel-0/disable-struts -t bool -n -s false

À true, permet de laisser affiché un tableau de bord sans pour autant qu'il empêche le plein écran de passer derrière. Ça permet de garder des infos sous les yeux sans pour autant sacrifier trop d'espace sur l'écran.

Enfin panel-0 correspond au numéro de panel pour lequel on souhaite activer/desactiver l'option. On peut donc régler finement le comportement.