Après avoir testé rapidement HeidiSQL puis SquirrelSQL qui a l'air d'être bien, mais aussi bien buggé...j'ai trouvé dBeaver.
Déjà c'est pas du Java c'est du GTK et il a l'air d'avoir pas mal de fonctionnalités.

Ce logiciel est une tuerie. On peut paramétrer l'interface comme on le souhaite. Historique des requête...etc
C'est vraiment pas mal.