La version Portable et à priori encore OpenSource de diffPDF qui est par la suite devenu payant.
D'autres sources sont également dispo içi :
https://soft.rubypdf.com/software/diffpdf

Un outil open source pour comparer 2 pdf.
Etrangement je ne l'avais pas ajouter à mon shaarli....
vite je m'empresse de corriger cette erreur.

Plugin pour winmerge permettant de coparer des pdf...
voir aussi
http://www.addictivetips.com/windows-tips/compare-pdf-file-difference-with-diffpdf/
http://portableapps.com/node/25587

Celui là a l'air pas mal non plus :
http://soft.rubypdf.com/software/diffpdf